El liderazgo de Inoki en NJPW no estuvo exento de errores. Su interés en las MMA a principios de la década de 2000 dio origen a una filosofía dentro del ring que se conoció como Inoki-ismo. Sin embargo, el cambio al estilo de lucha de disparos casi condenó a NJPW. Inoki vendió su participación en NJPW en 2005 y se alejó de la empresa.
Inoki exploró otras promociones y empresas luego de su salida de NJPW. Esos lo incluyeron fundando la Federación del Genoma Inoki.
Inoki también encontró el éxito en la arena política. Sirvió dos mandatos en la Cámara de Consejeros. Fue elegido por primera vez en 1989. Durante ese mandato, viajó en particular a Irak, donde se reunió con Saddam Hussein y negoció con éxito la liberación de un grupo de rehenes japoneses.
Un intento de reelección fallido hizo que Inoki dejara el cargo, pero regresó después de ser elegido para un nuevo mandato en 2013. Este estuvo marcado por una serie de viajes controvertidos a Corea del Norte. Inoki se retiró de la política en 2019.
